E' da un pò di giorni che combatto con questo errore, in un paio di applicazioni ASP.NET 2.0 servite dalla medesima macchina e dallo stesso IIS. Il web server però, gestisce anche applicazioni del framework 1.1 ...

Server Error in '/<Application name>' Application.
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Compilation Error
Description: An error occurred during the compilation of a resource required to service this request. Please review the following specific error details and modify your source code appropriately.

Compiler Error Message: The compiler failed with error code 128.


Fino a quando non applico un qualsiasi tipo di modifca alle applicazioni in questione fila tutto liscio; come ne modifico una, sia ricompilando che applicando semplicemente una modifica alle pagine aspx, ottengo l'errore appena visto.
Che cosa succede ? In pratica il compilatore del framework 2.0, a fronte di una nuova risorsa inserita nell'applicazione ed essendo a conoscenza della vecchia versione dell'applicazione posta in cache, non riesce a ricompilare.
Girando su internet, alcuni dicono di riparare l'installazione del framework 2.0, altri di riconfigurare ASP.NET sul web server tramite l'utilizzo dell'utility a riga di comando aspnet_regiis. A me è bastato semplicemente rimuovere la versione in cache dell'applicazione, cancellando tutti i files presenti all'interno del percorso:

C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\Temporary ASP.NET Files

e lasciare che il motore di ASP.NET ricompili l'applicazione alla prima richiesta.
Successivamente ho lanciato un iisreset ed è tornato tutto a funzionare.

Anche Microsoft riscontra l'errore in questione, ma dice che è legato alla presenza di componenti di terze parti all'interno di IIS. La soluzione proposta è l'installazione di un hotfix presente a questo indirizzo: http://support.microsoft.com/kb/916451/en-us.
Devo ancora chiedere a chi di dovere se questo era vero anche nel mio caso, ma per ora mi accontento :)
Intanto, spero possa essere utile a qualcuno.