Questa è una delle novità introdotte con ASP.NET 2.0; possiamo registrare tutti i server control che vogliamo inserire nella nostra applicazione web, un'unica volta (nel web.config) per tutte le pagine dell'applicazione.
E' possibile sia registrare gli user control (file .ascx) uno ad uno: 

<pages>

   <controls>

      <add tagPrefix="pep" tagName="footer" src="~/UserControls/footer.ascx"/>

      <add tagPrefix="pep" tagName="header" src="~/UserControls/header.ascx"/>

   </controls>

</pages>

sia registrare un intero namespace di server control: 

<pages>

   <controls>

      <add tagPrefix="pep" assembly="Peppe" namespace="Peppe.Web.UI.WebControls"/>

   </controls>

</pages>

Vi risulterà davvero utile !