Se, guardando il log dell'indicizzazione prodotto dal servizio di ricerca di MOSS 2007 su uno dei content source che avete configurato, vi trovate un errore di questo tipo:

The crawler could not communicate with the server. Check that the server is available and that the firewall access is configured correctly

controllate subito l'indirizzo che viene specificato come fonte dell'errore cercando di raggiungerlo tramite browser utilizzando la connessione in desktop remoto sulle vostre macchine che si occupano dell'indicizzazione.
Probabilmente avete una farm dove uno o più server si occupano di fornire la parte front-end di SharePoint e uno o più server quella di indicizzazione. E magari l'indirizzo che vedete come fonte dell'errore, se raggiunto dalle macchine client, vi risulterà sicuramente funzionante.
Ma se provate a raggiungerlo da una delle macchine di indicizzazione, vedrete che vi ritornerà un errore di tipo 5xx.
Quindi cercate di capire il perchè di quell'errore 500 e, una volta corretto, fate ripartire l'indicizzazione.
Nel mio caso, era stato stoppato l'application pool ed è bastato semplicemente riavviarlo.
Spero possa esser utile a qualcuno.